Semara s'élève au milieu d'un désert de pierre noire, dans la vallée de la Saguia el-Hamra, à l'endroit où le cheikh Ma al-Aynin établit sa zaouïa à la fin du XIXe siècle (1887 selon l'encyclopédie Larousse), sous le règne du sultan Moulay Abdelaziz. Ce théologien soufi fait de cette étape caravanière un centre religieux de premier plan, doté d'une grande mosquée abritant une médersa réputée dans tout le Sahara, et un relais essentiel du commerce transsaharien reliant le Sous